A Multigenomic Approach to the Phylogeny, Evolution and Biogeography of the Grass Subfamily Pooideae with an Emphasis on the Subtribe Loliinae

INTRODUCCIÓN El principal foco de interés de la presente tesis ha sido explorar diversos procesos de duplicación, recombinación, pseudogenización, conversiones génicas y poliploidización en las gramíneas (Poaceae), poniendo un mayor énfasis en la subfamilia Pooideae. Para ello hemos utilizado el análisis de genes nucleares, cloroplásticos y mitocondriales. Estos estudios, junto con la construcción de una robusta filogenia desde un enfoque molecular, la estimación de los tiempos de divergencia y los patrones biogeográficos históricos, logran explicar de lo micro a lo macroevolutivo la aparición de nuevos linajes de gramíneas templadas, y sus patrones de dispersión y de distribución histórica. En su conjunto, esta tesis doctoral ofrece una importante contribución en el campo de la sistemática molecular y evolutiva, logrando avances significativos y ofreciendo nuevas herramientas para el estudio de los genes en las plantas. La presente memoria doctoral está organizada en una introducción, los objetivos, cinco capítulos y las conclusiones finales. DESARROLLO TEÓRICO DE CADA CAPÍTULO En el primer capítulo se evalúa el potencial filogenético del gen nuclear copia simple ß-amylasa, así como la existencia de pseudogenización, paralogía, homeología, y recombinación dentro de una amplia representación de gramíneas (142 especies, 16 muestras de ellas clonadas, clasificadas en 88 géneros y 7 subfamilias). Para ello comparamos la filogenia basada en el gen ß-amylasa con una robusta filogenia organísmica de las gramíneas basada en genes nucleares (ITS) y cloroplásticos (matK, ndhF, trnTL, trnLF). Además, se usan las técnicas de detección de recombinación (RDP4) y detección de códones terminales prematuros (Premature Terminal Codons: PTCs), así como el modelo Branch-Specific Branch-Site REL (Random Effects Likelihood), que nos indica las posibles posiciones nucleotídicas bajo selección purificadora (negativa), neutral y positiva. Nuestros resultados demuestran la existencia de siete secuencias recombinantes y otras tantas bajo selección neutral y/o positiva, lo cual podría indicar la presencia de pseudogenes en el grupo de gramíneas analizado. También hemos descrito la presencia de semi-paralogía (clones de Vulpia alopecuros) y homeología (clones de Festuca simensis, F. fenas y F. arundinacea). Una vez analizadas y propiamente consideradas aquellas secuencias bajo una irregular dinámica evolutiva, el gen nuclear copia simple ß-amylasa resultó ser un buen candidato para resolver diversos conflictos filogenéticos pobremente resueltos hasta la fecha en las Poaceae. El segundo capítulo analiza la distribución y dinámica evolutiva de un tipo muy concreto de elementos transponibles, conocidos como Stowaway MITEs (Miniature Inverted repeat Transposable Elements). Dichos elementos transponibles fueron localizados en el cuarto intrón del gen nuclear copia simple ß-amylasa tras analizar muestras de 117 especies de gramíneas, que representaban a 88 géneros y 4 subfamilias, siendo la subfamilia Pooideae la más ampliamente muestreada. Para analizar la presencia de los Stowaway MITEs se realizó en primer lugar un árbol organísmico de Poaceae basado en genes nucleares (ITS, ß-amylasa) y cloroplásticos (trnTL, trnLF, ndhF y matK). A continuación se comparó la presencia de dichos elementos móviles con el marco filogenético aportado por el árbol organísmico. Nuestros resultados indican la presencia de hasta tres tipos distintos de Stowaway MITEs en el clado BEP de las gramíneas, y su llamativa ausencia de las muestras que representan al clado PACCMAD. Se describen tres hipótesis alternativas para explicar la dinámica evolutiva de dichos elementos en las gramíneas templadas: (i) su adquisición temprana en el ancestro de las Pooideae, seguido de múltiples e independientes pérdidas; (ii) inserciones independientes de hasta tres tipos distintos de ¿Stowaway MITEs¿ en diferentes ancestros en el mismo locus del gen ß-amylasa; (iii) una adquisición temprana de dichos elementos móviles en el ancestro común, seguidas por múltiples pérdidas, readquisiciones y transferencias horizontales a lo largo de la historia del clado BEP. Este capítulo ha sido publicado: Minaya, M., Pimentel, M., Mason-Gamer, R., Catalan, P., 2013. Distribution and evolutionary dynamics of Stowaway Miniature Inverted repeat Transposable Elements (MITEs) in grasses. Molecular Phylogenetics and Evolution 68, 106-118. El tercer capítulo aborda uno de los más recientemente descritos y trascendentales procesos evolutivos en las angiospermas: la transferencia de secuencias génicas entre especies alejadas filogenéticamente o transferencia horizontal de genes (HGT). Para llevar a cabo esta tarea se secuenció parte del gen mitocondrial rps3 en 141 especies de gramíneas, las cuales representaban a 97 géneros y 10 subfamilias. Al igual que en los capítulos anteriores, se comparó la filogenia basada en el gen rps3 con una robusta filogenia organísmica de las gramíneas basada en genes nucleares (ITS, ß-amylasa) y cloroplásticos (matK, ndhF, trnTL and trnLF). Se llevaron a cabo técnicas de detección de recombinación mediante inspecciones visuales y usando programas informáticos específicos como RDP4. También se estimó la existencia de pseudogenización mediante la localización visual de códones terminales prematuros (PTCs), y del modelo Branch-Specific Branch-Site REL. Nuestros resultados indican la presencia de hasta 32 recombinaciones (incluyendo 12 casos de micro-conversiones génicas), y 13 secuencias con una alta proporción de sitios bajo selección positiva y/o neutral. Estos resultados demuestran la naturaleza quimérica del marcador mitocondrial analizado y de su plausible transferencia horizontal entre linajes no emparentados. Estas evidencias también sugieren que la transferencia desde el genoma mitocondrial al genoma nuclear y/o cloroplástico del gen mitocondrial rps3 en gramíneas. El contenido del cuarto capítulo, además de seguir explorando la filogenia de la subfamilia Pooideae, incide en la evolución cromosómica y el ritmo de divergencia y las tasas de diversificación en los linajes de Poaceae. Para ello se secuenciaron cinco regiones cloroplásticas, dos codificantes (ndhF, matk) y tres no codificantes (trnH-psbA, trnTL y trnLF) en una selección de 170 especies de gramíneas, representativas de 9 subfamilias de Poaceae. La evolución cromosómica fue analizada mediante el programa chromEvol, que utiliza el método máximo-verosímil, los tiempos de divergencia fueron estimados en el programa bayesiano BEAST, y las tasas de diversificación fueron evaluados con el programa MEDUSA. Los resultados filogenéticos corroboraron otras reconstrucciones recientes de Poaceae e indicaron que las Pooideae comenzaron su diversificación en el Eoceno medio, lo cual podría estar relacionado con el descenso de temperatura global detectado a partir de esa época. Los análisis sobre la evolución del número de cromosomas mostraron que el número de cromosomas permanece estable a través de la filogenia de las Pooideas. Además, nuestros resultados indican que la evolución poliploide ha sido predominante sobre la diploide, lo cual contradice las hipótesis postuladas recientemente para diversas angiospermas. El quinto y último capítulo de esta tesis doctoral explora la filogenia, los tiempos de divergencia calibrados con dataciones fósiles y los patrones biogeográficos históricos en Loliinae (Pooideae), con un especial enfoque en las regiones australes más pobremente estudiadas hasta la fecha (Sudamérica, África tropical, Sudáfrica, Australia y Nueva Zelanda). Este trabajo utilizó aproximaciones bayesianas (BEAST) para la estimación de los tiempos de divergencia y métodos de reconstrucción biogeográfica mediante análisis de dispersión, extinción, y cladogénesis (DEC models). Se utilizaron secuencias del gen nuclear (ITS) y de los genes cloroplásticos (trnTL, trnLF) en 178 especies de Loliinae. Nuestros resultados sugieren que el ancestro común de las Loliinae apareció durante el Oligoceno tardío, lo que supone un adelanto con respecto a las últimas estimaciones publicadas. La mayor parte de las divergencias estimadas en los principales linajes de Loliinae ocurrieron entre el Mioceno medio y el inferior. Los escenarios biogeográficos estimados sugieren la existencia de recurrentes dispersiones a larga distancia (Long Distance Dispersions; LDD), neocolonizaciones y recolonizaciones, principalmente desde el hemisferio norte al hemisferio sur, pero también en dirección opuesta, y entre áreas situadas en el hemisferio sur. Nuestras inferencias indican que las Loliinae de hoja ancha (broad-leaved Loliinae) presentan un ancestro común originario del Mediterraneao occidental. Sin embargo, las Loliinae de hoja fina (fine-leaved Loliinae) se originaron de forma independiente en el Mediterráneo occidental y en Sudamérica. CONCLUSIONES GENERALES La compleja y singular dinámica evolutiva del gen nuclear copia simple (LCNG) ß-amylase y del gen mitocondrial rps3 en Poaceae ha sido corroborada a través de la detención de multitud de secuencias bajo pseudogenización, paralogía, homeología, recombinación y desplazamientos filogenéticos. La existencia de MITEs (Miniature Inverted Repeat Transposable Elements) en regiones intrónicas y espacios intergénicos de los genes ß-amylase, Xylose isomerase (xly), Barley leucine zipper (blz-1), Nucellin (nuc) y Disrupted meiotic cDNA (dmc1) nos ayuda a interpretar la compleja dinámica evolutiva del genoma nuclear de las gramíneas, el cual ha resultado ser mucho más complejo e intrincado de lo esperado. La hipótesis más plausible que explica la existencia de dichos elementos transponibles dentro de las Loliinae templadas es su adquisición independiente en diferentes momentos, seguida de múltiples pérdidas y transferencias horizontales. La identificación y evaluación de genes y secuencias bajo recombinación y con una presión evolutiva negativa es un paso clave en el uso de marcadores moleculares como fuente de datos en reconstrucciones filogenéticas. La existencia de dichos singulares eventos evolutivos ha resultado ser mucho más común de lo esperado en gramíneas. Quizá estemos en los albores de entender que el modelo de evolución génica en plantas, actualmente limitado a especiaciones, duplicaciones y pérdidas de genes, es mucho más amplio debiéndose incorporar a la rutina investigadora fenómenos como microconversiones, o transferencias horizontales de genes entre especies alejadas filogenéticamente. Las filogenias presentadas en esta tesis, basadas en marcadores nucleares (ITS, ß-amylase) y plastídicos (matK, ndhF, trnH-psbA, trnTL and trnLF), fueron en general altamente congruentes con los trabajos publicados hasta la fecha. Cabe destacar las nueva relación observada entre Brachypodieae + core pooids clade, y los cinco nuevos linages descritos correspondientes mayormente a Loliinae Australes: el clado Euroasiatico ¿ Sur Americano, el clado sur Africano ¿ centro Americano, el clado de Africa tropical ¿ sur Africano, el clado de Vulpias Americanas + Pampas, y el clado Afroalpino. Las dataciones de Pooideae calibradas con fósiles indican que la diversificación más temprana dentro del clado BEP ocurrió entre el Paleoceno medio y el Eoceno temprano. Dichas diversificaciones parecen estar relacionadas con un periodo de calentamiento global. Sin embargo, el desarrollo de un clima más frío y seco durante el Eoceno tardío y el Oligoceno favoreció la diversificación de las Pooideae debido probablemente a la formación de grandes espacios abiertos en forma de prados y praderas. Nuestras estimaciones indican que la subtribu Loliinae se originó durante el Oligoceno tardío, y divergió fundamentalmente durante el Mioceno medio y el tardío. Los escenarios biogeográficos reconstruidos para la subtribu Loliinae sugieren que la mayor parte de sus ancestros se dispersaron mediante neocolonizaciones, recolonizaciones y migraciones a larga distancia desde el hemisferio norte al sur, pero también en dirección opuesta e incluso dentro del hemisferio sur. Las ¿festucas de hoja ancha¿ presentaron un inequívoco ancestro común en el Mediterráneo occidental. Sin embargo, el grupo de las festucas de hoja fina muestran dos orígenes independientes: el Mediterráneo occidental y la región Patagónica

Genome annotation, comparative genomics and evolution of the model grass genus Brachypodium (Poaceae)

INTRODUCCIÓNEn esta Tesis Doctoral se han llevado a cabo estudios evolutivos, biogeográficos, genómicos, transcriptómicos y de expresión génica en los taxones que integran el género Brachypodium (Poaceae) con el objetivo de descifrar los eventos de especiación que han dado lugar a las especies de dicho género. La tesis está constituida por cuatro capítulos con sus respectivos cuatro apéndices. DESARROLLO TEÓRICOCapítulo 1. Reconstrucción de los orígenes y la biogeografía de los genomas de las especies del género modelo de gramíneas Brachypodium, altamente reticulado y rico en especies alopoliploides, mediante métodos de evolución mínima, coalescencia y máxima verosimilitud (Reconstructing the origins and the biogeography of species’ genomes in the highly reticulate allopolyploid-rich model grass genus Brachypodium using minimum evolution, coalescence and maximum likelihood approaches).Se ha reconstruido la filogenia y la historia biogeográfica de las especies reconocidas de Brachypodium mediante el análisis evolutivo del gen nuclear copia simple GIGANTEA (GI), y de otros genes tanto nucleares (ITS, ETS) como plastídicos (ndhF, trnL-F). Para ello se han desarrollado análisis de redes haplotípicas, de mapeo de los alelos poliploides en el árbol de especies diploides por evolución mínima y de construcción del árbol de especies (de genomas y subgenomas), así como la reconstrucción biogeográfica y el cálculo de los tiempos de divergencia de los subgenomas homeólogos por métodos máximo verosímiles y bayesianos, respectivamente, y la estimación por coalescencia de los posibles tiempos en los que se produjeron los eventos de hibridación que dieron lugar a las especies alopoliploides.Nuestros resultados apoyan la naturaleza alopoliploide de las especies poliploides del género, así como un escenario espacio-temporal de diversas divergencias y fusiones de los genomas en las diferentes áreas ancestrales, mostrando un claro predominio de la dispersión de los genomas diploides frente a los alopoliploides. También han sido inferidos los tiempos de divergencia de todas los linajes estudiados, desde el más ancestral, B. stacei (6,8 Ma) hasta los más recientes del “core perennial” (0,7-0,3 Ma).Capítulo 2. Mapeos sinténicos contra genomas de referencia y estudios filogenómicos basados en análisis multigénicos revelan los ancestros de los subgenomas homeologos de especies alopoliploides del género Brachypodium. (Reference-genome syntenic mapping and multigene-based phylogenomics reveal the ancestry of homeologous subgenomes in grass Brachypodium allopolyploids).Se llevaron a cabo mapeos sinténicos de datos transcriptómicos y de genotipado genómico (GBS) contra los genomas de referencia de Brachypodium desarrollando nuestros propios algoritmos y herramientas bioinformáticas. Con esos datos se ha reconstruido la filogenia y se han datado los orígenes de los genomas y subgenomas presentes en especies diploides y alopoliploides de Brachypodium empleando métodos bayesianos y de máxima verosimilitud. Adicionalmente, se ha obtenido y analizado el pan-transcriptoma de las especies estudiadas, identificando genes potencialmente exclusivos de determinados grupos de especies.Los análisis filogenéticos basados en datos transcriptómicos junto con la obtención de tamaños genómicos nos ha permitido elucidar complejos escenarios de hibridación para los subgenomas homeologos de las seis especies alopoliploides de Brachypodium estudiadas, mostrando distintos eventos de hibridación que implican únicamente a genomas ancestrales, a genomas ancestrales y recientes, y únicamente a genomas recientes. Nuestros resultados apoyan el origen ancestral de B. mexicanum, el intermedio de B. boissieri y B. retusum, y la rápida radiación de las especies del “core perennial”.Los capítulos 1 y 2 suponen un completo análisis del género Brachypodium, en especial de las especies alopoliploides, cuyos resultados apoyan y datan los eventos evolutivos que han dado lugar a la compleja y reticulada historia evolutiva que presenta dicho género así como los posibles linajes progenitores de las especies alopoliploides. Capítulo 3. Genómica comparada del plastoma y filogenómica de Brachypodium: improntas de los tiempos de floración, introgresión y recombinación en los ecotipos recientemente evolucionados. (Comparative plastome genomics and phylogenomics of Brachypodium: flowering time signatures, introgression and recombination in recently diverged ecotypes).Se han ensamblado, anotado y analizado los genomas organulares (plastomas) de un amplio número de ecotipos de las especies anuales de Brachypodium, y se ha reconstruido su filogenia, comparándola con la de sus genomas nucleares. Se ha dilucidado la diversificación de los ecotipos y su relación con factores de tiempos de floración y geográficos. El estudio comparativo de los 57 genomas cloroplásticos ensamblados y anotados, 53 B. distachyon, 3 B. hybridum y 1 B. stacei, ha revelado reordenamientos genómicos, como la inserción de 1161 pb y la deleción de una de las copias del gen rps19, característicos de las especies B. stacei y B. hybridum (plastoma tipo stacei), respecto de las líneas de B. distachyon. Se han estimado sus orígenes mediante datación anidada dentro del marco evolutivo de las gramíneas y, para las líneas de B. distachyon, se ha comparado la filogenia plastómica con la nuclear, detectándose una divergencia clara de dos linajes intra-específicos, relacionada con sus tiempos de floración, y una subestructuración más reciente relacionada con su geografía, así como la evidencia de capturas cloroplásticas e introgresión entre clados distantes. Estos datos apoyan que la tendencia a la microespeciación se ve frenada por procesos de introgresión recurrente.Capítulo 4. Características de las redes de co-expresión y los genes diferencialmente expresados explican los patrones de respuesta a sequía en la gramínea modelo Brachypodium distachyon. (Co-expression network features and differentially expressed genes explain drought-response patterns in the model grass Brachypodium distachyon).Se han identificado y analizado genes funcionales implicados en la respuesta ambiental a estrés hídrico mediante el análisis de redes de co-expresión génica y de genes diferencialmente expresados en diversos ecotipos de la planta modelo Brachypodium distachyon.Se han analizado tanto la topología de dichas redes como los genes e isoformas más interconectadas, detectando 38 módulos en la red de co-expresión bajo condiciones de sequía, con 628 genes altamente interconectados (820 transcritos), y 30 módulos en la red de co-expresión en condiciones de riego con 839 genes altamente interconectados (1072 transcritos). Además se han identificado los procesos biológicos en los que están implicados los genes co-expresados, encontrando cinco módulos exclusivos de la red bajo condiciones de sequía de los cuales tres están directamente relacionados con procesos de respuesta a estrés hídrico. Estos resultados han sido correlacionados con datos pan-genómicos observando que la mayoría de los genes co-expresados son genes “core”, conservados en todos la líneas estudiadas, o “soft-core”, conservados en más del 90% de las líneas estudiadas.CONCLUSIONES1-Los análisis evolutivos y biogeográficos de los 20 taxones reconocidos del género Brachypodium empleando cinco genes (tres nucleares y dos plastídicos) indican que aproximadamente la mitad de las especies son diploides y la otra mitad alopoliploides. El análisis de evolución mínima de “injerto” de alelos alopoliploides en las ramas del árbol diploide recobra los linajes homeólogos (subgenomas) de los alopoliploides. Las sucesivas divergencias de los linajes de las diploides anuales (B. stacei, B. distachyon) tuvieron lugar durante el Mioceno tardío-Plioceno en la cuenca Mediterránea, mientras que las de los linajes de las diploides perennes (B. arbuscula, B. genuense, B. sylvaticum, B. glaucovirens, B. pinnatum-2x y B. rupestre-2x) ocurrieron durante el Cuaternario en las regiones Mediterránea y Euroasiática, con colonizaciones esporádicas de otros continentes. Las respectivas divergencias de los linajes homeólogos de los alopoliploides tuvieron lugar en distintos tiempos evolutivos. Nuestro escenario biogeográfico apoya la existencia de dispersiones a larga distancia únicamente en los linajes diploides, mientras que todos los eventos de hibridación y duplicación genómica ocurrieron dentro de las áreas ancestrales progenitoras más recientes, sin posteriores expansiones de área.2- Los análisis filogenómicos mediante datos de RNA-seq y GBS han identificado a B. mexicanum como la especie alopoliploide más antigua mostrando subgenomas de tipo ancestral (A) y materno de tipo stacei (B) (Mioceno medio-tardío). Los alopoliploides de elevado nivel de ploidía, B. boissieri y B. retusum, muestran tres y cuatro subgenomas respectivamente. Ambas especies presentan subgenomas A y B así como el subgenoma intermedio tipo distachyon (C) (Mioceno-Plioceno) (heredado maternalmente en B. boissieri). B. retusum también presenta un subgenoma materno tipo core perennial recientemente evolucionado (D) (Cuaternario). Los alotetraploides del clado core perennial B. rupestre y B. phoenicoides muestran únicamente subgenomas recientemente evolucionados tipo C y D (Cuaternario), siendo los diploides perennes B. pinnatum y B. sylvaticum sus respectivos progenitores maternos. El reciente alopoliploide B. hybridum se formó repetidamente y mediante cruzamientos bidireccionales durante el Cuaternario y es el único alopoliploide del que se conocen ambos progenitores diploides actuales, B. distachyon y B. stacei.3- Los análisis pan-transcriptómicos de 5202 conjuntos de tránscritos del género Brachypodium muestran genes expresados exclusivamente en los grupos de especies perennes (30), anuales (49), poliploides (14), alopoliploides más antiguos (143), especies ancestrales (14) y especies recientemente evolucionadas (52). Los tránscritos exclusivos de los alopoliploides antiguos podrían estar asociados con su genoma ancestral tipo A. Los tránscritos anotados como subunidad ARN polimerasa, encontrados únicamente en todas las especies anuales de Brachypodium, podrían indicar la existencia de diferencias en los niveles de expresión de las ARN polimerasas entre las especies anuales y perennes, o la pérdida de copias ancestrales en las especies perennes más recientemente evolucionadas.4- Los análisis pan-genómicos de los plastomas de 53 ecotipos de B. distachyon, 3 de B. hybridum y 1 de B. stacei han detectado una inserción (1161 pb) y una deleción en una de las copias del gen rps19 que diferencian a los plastomas de B. stacei y B. hybridum con respecto a los de B. distachyon, sin que se haya observado variación en el contenido génico entre los plastomas de B. distachyon.5- El árbol filogenómico de los plastomas de B. distachyon muestra la divergencia de dos linajes principales, correspondientes a los clados Extremely Delayed Flowering (EDF+) y Spanish (S+) – Turkish (T+), sugiriendo que el tiempo de floración es un factor decisivo en la divergencia intra-específica de B. distachyon. La comparación topológica entre las filogenias nucleares y plastídicas de esta especie revela nueve eventos de captura cloroplástica y dos de introgresión y micro-recombinación entre esos clados, apoyando la existencia de flujo génico entre linajes previamente aislados. Los intercambios de plastomas entre los tres grupos, EDF+, T+, S+, probablemente hayan sido el resultado de retro-cruzamientos aleatorios seguidos de estabilización por presión selectiva.6- Los análisis mediante redes ponderadas de co-expresión génica llevados a cabo en 33 ecotipos de B. distachyon bajo condiciones de sequía y riego identificaron cinco módulos exclusivos de la red de sequía, incluyendo 465 isoformas y 11 genes altamente interconectados (hubs). El análisis seleccionó genes candidatos y factores de transcripción (bHLH, ABF1, MADS box) potencialmente implicados en la regulación de la respuesta a sequía, tales como la síntesis de prolina y las respuestas a carencias de agua o fosfato, así como a estímulos por temperatura. Los análisis de expresión diferencial de genes en los ecotipos han detectado 4941 tránscritos, de los cuales dos terceras partes están sobre-expresados en las plantas en condiciones de sequía con respecto a las sometidas a condiciones de riego. Los análisis pan-transcriptómicos muestran que la mayoría de los genes expresados en ambas condiciones son genes del core, presentes en todos los ecotipos estudiados, mientras que una fracción de los genes hub corresponden a genes soft-core y shell, encontrados únicamente en algunos ecotipos. <br /

Una especie casi olvidada de Campanula (Campanulaceae)

A neglected species of Campanula (Campanulaceae)Palabras clave. Campanula cabezudoi, C. broussonetiana, C. transtagana, C. specularioides, C.lusitanica, C. decumbens, C. dieckii, taxonomía, W Mediterráneo.Key words. Campanula cabezudoi, C. broussonetiana, C. transtagana, C. specularioides, C. lusitanica, C. decumbens, C. dieckii, taxonomy, W Mediterranean basin

A Systematic Approach to Subtribe Loliinae (Poaceae: Pooideae) Based on Phylogenetic Evidence

Loliinae (Poaceae, Pooideae) encompass a large group of genera closely related to Festuca, the largest genus in the subtribe, which as traditionally circumscribed has been shown to be highly paraphyletic. In this investigation we combined molecular and morphological data representing 20 genera of Loliinae and closely related subtribes. Combined analysis of nucleotide sequences from the nuclear ITS and chloroplast trnL–F regions and structural characters recovered a consensus topology that shows Loliinae to be monophyletic and possessing two main clades—the fine-leaved Festuca clade that includes Ctenopsis, Micropyrum, Narduroides, Psilurus, Vulpia, and Wangenheimia, and the broad-leaved Festuca clade that includes Lolium and Micropyropsis. The presence of morphologically intermediate, unresolved, or poorly supported taxa (Castellia, Festuca subgen. Subulatae and subgen. Leucopoa p.p., and Festuca sect. Amphigenes p.p.) among the two groups points to a potential evolutionary trend from ancestral broad-leaved taxa to the more recently evolved fine-leaved taxa. Alternate classifications are evaluated for subtribes Loliinae, Cynosurinae, Dactylidinae, and Parapholiinae. We propose to maintain a paraphyletic Festuca as presently circumscribed and not to divide the polyphyletic Vulpia and Festuca infrageneric taxa until more phylogenetic data become available

Checklist de Festuca L. (Poaceae) en la Península Ibérica

Se ha elaborado una checklist actualizada del género Festuca en la Pe¬nínsula Ibérica. El catálogo incluye 73 especies, que suman 98 taxones si se consideran las subespecies y variedades, de los que casi el 40% son endémicos del territorio. Para cada taxón se recoge el nombre válido y las sinonimias más importantes, la indicación locotípica, el número cromosómico, las características ecológicas, la distribución general y en el territorio, y la información bibliográfica de interés. Además, se recogen en varios apéndices los nombres sin asignación, los híbridos interespecíficos detectados en el territorio, los híbridos intergenéricos conocidos, los taxones excluidos provisionamente y aquellos cuya presencia es probable en el territorio.Checklist of Festuca L. (Poaceae) in the Iberian Peninsula. We present an updated checklist of the genus Festuca in the Iberian Peninsula. The catalogue includes 73 species, suming up 98 taxa considering infraspecific taxa (subspecies and varieties). Of them, approximately 40% are endemic to the region. Information about the valid name and the most important synonyms, the locus classicus reference, the chromosome number, the ecology, the global and regional geographical distributions, and the most relevant bibliographic references is provided for each taxon. Additional information on the taxa without clear taxonomic assignation, the interspecific hybrids detected in the territory, the described intergeneric hybrids, and the taxa provisionally excluded from the Iberian checklist and those that could be present in the Iberian Peninsula is indicated in the appendices

Phylogenomics and Systematics of Overlooked Mesoamerican and South American Polyploid Broad-Leaved Festuca Grasses Differentiate F. sects. Glabricarpae and Ruprechtia and F. subgen. Asperifolia, Erosiflorae, Mallopetalon and Coironhuecu (subgen. nov.)

Allopolyploidy is considered a driver of diversity in subtribe Loliinae. We investigate the evolution and systematics of the poorly studied Mesoamerican and South American polyploid broad-leaved Festuca L. species of uncertain origin and unclear taxonomy. A taxonomic study of seven diagnostic morphological traits was conducted on a representation of 22 species. Phylogenomic analyses were performed on a representation of these supraspecific taxa and all other Loliinae lineages using separate data from the entire plastome, nuclear rDNA 45S and 5S genes, and repetitive DNA elements. F. subgen. Mallopetalon falls within the fine-leaved (FL) Loliinae clade, whereas the remaining taxa are nested within the broad-leaved (BL) Loliinae clade forming two separate Mexico–Central–South American (MCSAI, MCSAII) lineages. MCSAI includes representatives of F. sect. Glabricarpae and F. subgen. Asperifolia plus F. superba, and MCSAII of F. subgen. Erosiflorae and F. sect. Ruprechtia plus F. argentina. MCSAII likely had a BL Leucopoa paternal ancestor, MCSAI and MCSAII a BL Meso-South American maternal ancestor, and Mallopetalon FL, American I–II ancestors. Plastome vs. nuclear topological discordances corroborated the hybrid allopolyploid origins of these taxa, some of which probably originated from Northern Hemisphere ancestors. The observed data indicate rapid reticulate radiations in the Central–South American subcontinent. Our systematic study supports the reclassification of some studied taxa in different supraspecific Festuca ranks

Are diversification rates and chromosome evolution in the temperate grasses (Pooideae) associated with major environmental changes in the Oligocene-Miocene?

The Pooideae are a highly diverse C3 grass subfamily that includes some of the most economically important crops, nested within the highly speciose core-pooid clade. Here, we build and explore the phylogeny of the Pooideae within a temporal framework, assessing its patterns of diversification and its chromosomal evolutionary changes in the light of past environmental transformations. We sequenced five plastid DNA loci, two coding (ndhF, matk) and three non-coding (trnH-psbA, trnT-L and trnL-F), in 163 Poaceae taxa, including representatives for all subfamilies of the grasses and all but four ingroup Pooideae tribes. Parsimony and Bayesian phylogenetic analyses were conducted and divergence times were inferred in BEAST using a relaxed molecular clock. Diversification rates were assessed using the MEDUSA approach, and chromosome evolution was analyzed using the chromEvol software. Diversification of the Pooideae started in the Late-Eocene and was especially intense during the Oligocene-Miocene. The background diversification rate increased significantly at the time of the origin of the Poodae + Triticodae clade. This shift in diversification occurred in a context of falling temperatures that potentially increased ecological opportunities for grasses adapted to open areas around the world. The base haploid chromosome number n = 7 has remained stable throughout the phylogenetic history of the core pooids and we found no link between chromosome transitions and major diversification events in the Pooideae.España, Ministerio de Ciencia y Tecnología CGL2006-00319, CGL2009-12955-C02-0

Should lower respiratory tract secretions from intensive care patients be systematically screened for influenza virus during the influenza season?

INTRODUCTION: Influenza is easily overlooked in intensive care units (ICUs), particularly in patients with alternative causes of respiratory failure or in those who acquire influenza during their ICU stay. METHODS: We performed a prospective study of patients admitted to three adult ICUs of our hospital from December 2010 to February 2011. All tracheal aspirate (TA) samples sent to the microbiology department were systematically screened for influenza. We defined influenza as unsuspected if testing was not requested and the patient was not receiving empirical antiviral therapy after sample collection. RESULTS: We received TA samples from 105 patients. Influenza was detected in 31 patients and was classified as unsuspected in 15 (48.4%) patients, and as hospital acquired in 13 (42%) patients. Suspected and unsuspected cases were compared, and significant differences were found for age (53 versus 69 median years), severe respiratory failure (68.8% versus 20%), surgery (6.3% versus 60%), median days of ICU stay before diagnosis (1 versus 4), nosocomial infection (18.8% versus 66.7%), cough (93.8% versus 53.3%), localized infiltrate on chest radiograph (6.3% versus 40%), median days to antiviral treatment (2 versus 9), pneumonia (93.8% versus 53.3%), and acute respiratory distress syndrome (75% versus 26.7%). Multivariate analysis showed admission to the surgical ICU (odds ratio (OR), 37.1; 95% confidence interval (CI), 2.1 to 666.6; P = 0.01) and localized infiltrate on chest radiograph (OR, 27.8; 95% CI, 1.3 to 584.1; P = 0.03) to be independent risk factors for unsuspected influenza. Overall mortality at 30 days was 29%. ICU admission for severe respiratory failure was an independent risk factor for poor outcome. CONCLUSION: During the influenza season, almost one third of critical patients with suspected lower respiratory tract infection had influenza, and in 48.4%, the influenza was unsuspected. Lower respiratory samples from adult ICUs should be systematically screened for influenza during seasonal epidemics

Aprendizaje cooperativo y mapas conceptuales

En la elaboración de este libro también participaron los siguientes estudiantes: Barreda Santa Cruz, Begoña / Palau Nos, Jorge / Lerma Poveda, Carlos / Zuco Monaco, Paolo / Bolta Miñana, Borja / Entraigas García, Carla / Risueño Martí, Jorge / Cortés Aparisi, Raquel / Díaz Megías, Mónica / Garrigós Padilla, María / Jiménez del Valle Natalia / Morales San Martín Cristina / Navarro Ahullana, Mar / Navarro López, María / Peraire Besalduch, Angela / James Harrison / Rebecca Spencer / Hannah Westcott / María Cholvi Gil / Carlota Clemente Almendros / María Ibáñez Beltrán / Jorge Pastor Panadero / María del Pilar Ventura Salvador / Mario Rodríguez Molero / Pablo Alba Repullo / Teresa Pérez Huertas / Jorge Alarcón Fernández / Rodrigo Climent Pedrosa / Christian de Joz Latorre / Marina Muñoz Máyquez / Samuel Ezquerro Lalinde / Sandra Aponte Fernandez / Victoria Salguero Rebolledo / Andrés Martinez Lopera / Jorge Garcia oragues / José Mª De Vicente Garcia / Nacho Rivaya Martos / Eduardo Fabado Alfaro / Manuel Pando Cáceres / Miriam Franch Citoler / Lucía López López / Patricia Sabater Tortajada / Andrea Serra Pla / Elisabeth Ruiz Perez / Inmaculada Concepción Ortiz Bella / Daniel Climent de la Guia / David Lozano Pellicer / Nuria Cerdà Moreno / Raquel Cervera Martín / Laura Gutiérrez Trujillo / Nerea Lopez Arribas / Sheyla Martorell Luján / Jorge Almenar Ruiz / Marta García Espallarga / Miguel Medina Melián / Luis Parra Martínez / Anna Spuche Catalunya / Rafael Villalba Crucera / Cristina Guerrero Fabra / Consuelo Verdú Belando / Cristina Gabaldón Cuenca / Alba Segarra Villar / Silvia Martínez Rocher / María González Marimón / Irene Grima Simón / Ana Carbonell Garrido / Elisenda Gómez Mele / Clara Teresa Latorre Salvador / Esperanza Llavata Silva / Aitana Muñoz Martí / Daniel Rocher Camps / José Antonio Lopez De La Isidra Aguilar / Francisco Javier Rodriguez Urbano / Rafael Gimenez Minguez / Mª Teresa Martínez Casalí / Alfonso Martínez-Bernal Herrero / Patricia Navarro Pla / Sandra Soto Vozmediano / Mª Antonia García Juncos / Natalia Hernández Roldán / Soraya Hinarejos Carrasco / Merche Moncholí Fernández / Amparo Ros Gimeno / Patricia Martínez Viana / Bruno Benedito Pérez / Joan Enguer Saus / Pablo Palomar Muñoz / Joaquín Server Martorell / María Amparo Monasor Pérez / Ángela Ruiz López / Naiara Ramos Gil / Antonio Santiago Muñoz / Soraya Sánchez Baixauli / Carlota Ramírez PérezEl Libro cuenta con dos partes unidas por un punto común, los mapas conceptuales como metodología docente activa para los estudios de Grado en Derecho. En la Parte General se expone la visión del profesorado del aprendizaje cooperativo y la inserción de los mapas conceptuales como metodología activa en los estudios y aprendizaje del Derecho, mientas que en la Parte Especial se expone la visión estudiantil de los mapas conceptuales. Finalmente el Libro cuenta con un Anexo donde aparecen los mapas elaborados por los estudiantes.El libro forma parte de los resultados del Proyecto de Investigación de Finestra Oberta Tipo del Proyecto / Finestra Oberta Proyecto de Innovación que dirige la Coordinadora de la obra Profesora Cobas Cobiella Concedido en el curso 2012-2013 UV-SFPIE_ FO12-8082